保健会館クリニックは、一般外来、専門外来、新宿区地域住民の健康診査およびがん検診の実施など多彩な内容の診療を行っています。
一般外来は、地域住民の診療および職域の定期健康診断で異常所見がみつかった人の診療や事後指導を実施しています。
専門外来は、消化器内科、肺診断科、呼吸器内科、婦人科、乳腺、糖尿病、甲状腺、代謝、および内視鏡センター、小児健康相談室などで構成されています。
専門外来では、本会の人間ドックや労働安全衛生法による定期健康診断、学校保健法による児童・生徒の健康診断、高齢者医療確保法による健康診査などで要精密検査と判定された人のうち、当クリニックの受診を希望された場合、または一般外来で専門外来の受診を必要とされた人を対象に、クリニックの常勤医師および外部の専門医（所属は東京慈恵会医科大学、順天堂大学医学部、日本大学医学部、慶應義塾大学医学部、がん研有明病院、帝京大学医学部、昭和大学医学部など）が診療にあたっています。
